Adoma est structurée sur un modèle déconcentré afin d’améliorer son efficacité sur tout le territoire. Son réseau d’exploitation est ainsi organisé autour de cinq Établissements : Ile-de-France, Est, Nord & Atlantique, Auvergne Rhône-Alpes et Méditerranée.
Chaque Établissement est placé sous la responsabilité d’un directeur d'Établissement qui a en charge la gestion des résidences, la maîtrise d’ouvrage, l’action commerciale, l’accompagnement social, les achats, la gestion du personnel et le contrôle budgétaire. L’action régionale est relayée par les directions territoriales qui organisent les relations avec les partenaires locaux.